《医学源流论》共收集评论文章九十九篇。上卷为经络脏腑、脉、病、方药，下卷则治法、书论（并各科）、古今。纵横捭阖，触及之处，每有新见，发前人之未发，言常人所不敢言，尤针砭时弊甚多，论述道理深湛。