全书共44卷。《证治准绳·杂病》卷1～6专论内科杂病，分诸中、诸伤、寒热、诸气、诸呕逆、诸血、诸痛、痿痹、诸风、神志、杂门、大小腑等12门，131种病证，卷7～8为七窍门，包括五官、咽喉、毛发、筋骨、皮肤、蛊虫等19种病证。各门前有总论，后按病证分述，不载方药。各证下再详列不同病症，辨证精细，分析入微，《杂病证治类方》按《杂病证治准绳》而分类列方。