三阴三阳其实在《内经》中出现的篇幅不多，主要是在“阴阳离合论篇第六”、“阴阳别论篇第七”、“天元纪大论篇第六十六”、“至真要大论篇第七十四”等篇章中出现。后两篇其实是五运六气模型的由来，因为五运六气中要用到三阴三阳的符号。而“阴阳离合论篇第六”这一篇，是论述三阴三阳的制定来源。
阴阳离合论篇第六
黄帝问曰：余闻天为阳，地为阴，日为阳，月为阴。大小月三百六十日成一岁，人亦应之。今三阴三阳不应阴阳，其故何也？
岐伯对曰：阴阳者，数之可十，推之可百，数之可千，推之可万，万之大不可胜数，然其要一也。
天覆地载，万物方生。未出地者，命曰阴处，名曰阴中之阴；则出地者，命曰阴中之阳。
阳予之正，阴为之主。故生因春，长因夏，收因秋，藏因冬。夫常则天地四塞。阴阳之变，其在人者，亦数之可数。
帝曰：愿闻三阴三阳之离合也。
岐伯曰：圣人南面而立，前曰广明，后曰太冲。太冲之地，名曰少阴；少阴之上，名曰太阳。太阳根起于至阴，结于命门，名曰阴中之阳。
中身而上名曰广明，广明之下名曰太阴，太阴之前，名曰阳明。阳明根起于厉兑，名曰阴中之阳。
厥阴之表，名曰少阳。少阳根起于窍阴，名曰阴中之少阳。
是故三阳之离合也：太阳为开，阳明为阖，少阳为枢。三经者，不得相失也，搏而勿浮，命曰一阳。
帝曰：愿闻三阴？
岐伯曰：外者为阳，内者为阴。然则中为阴，其冲在下，名曰太阴，太阴根起于隐白，名曰阴中之阴。
太阴之后，名曰少阴，少阴根起于涌泉，名曰阴中之少阴。
少阴之前，名曰厥阴，厥阴根起于大敦，阴之绝阳，名曰阴之绝阴。
是故三阴之离合也，太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。三经者不得相失也，搏而勿沉，名曰一阴。
阴阳（雩重）（雩重），积传为一周，气里形表，而为相成也。
这是一种模型上的设置，立体图如下：
换成平面图如下：
怎么制定而来？
开头黄帝发问：以易学规律，分天地阴阳。干支历360数为一圈，但是“三阴三阳”似乎不对应这种阴阳划分规律，为什么？
黄帝为什么这么问？因为我们看上面在这张图，如果以冬至为起点，是以少阴为始，而不是厥阴，也就是它不是按阴阳顺序排的。
后面岐伯的回复，似乎像在“打马虎眼”。“天覆地载，万物方生。未出地者，命曰阴处，名曰阴中之阴；则出地者，命曰阴中之阳”，天为阳，覆为阳。地为阴，载为阴。未出地为阴中阴，也就是前文说的肾，出地为阴中阳，也就是指肺。以这种逻辑去设置三阴三阳。
黄帝问：三阴三阳的离合。也就是问的三阴三阳的排序。
接下来岐伯回答的，就是用上面那两张图来表达。
“太阳根起于至阴，结于命门”，命门也是一个有争议的词，后世以不同位置称作命门。“厉兑”、“窍阴”、“隐白”、“大敦”……现有这些词，而后人们根据描述确定穴位的位置。
太阳为开，阳明为阖，少阳为枢：风水里以太阳辰戌为天门地户，少阳寅申的位置为人鬼门，阳明卯酉为春秋分。对应的洛书，不过洛书的“土”是无位的。
太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢：太阴丑未也是人鬼门的位置，厥阴巳亥是天门地户的位置，少阴子午是冬至夏至。
三阴三阳的开阖，我们从上面的阴阳对应上来看，并不算对应，这也是为什么开篇黄帝有那个疑问。
实际上我们在五运六气中，讲过这样排序的原理，而这个易数模型的设置，也是五运六气的核心所在，也是三阴三阳的制定原理。
